Заметил проблему в обеих версиях (3.13 и 3.16) в режиме Live CD.При копировании с ntfs раздела папки в Домашний каталог runtu,происходит закрытие Домашнего каталога и папка не копируется.Приходиться создавать новую папку в Домашнем каталоге,открывать её,копировать с ntfs уже не папку а файлы,затем уже переименовывать папку в runtu.Но иногда и при копировании файлов происходит закрытие папки ну и естественно файл не копируется.
В runtu-xfce-14.04 такого у меня ни разу не было,Копируется всё что угодно.Вот и сейчас копирую туда - обратно,никаких проблем.