где файл конфигурации найти и что там посмотреть?
Конфигурация LXTerminal находится в файле
~/.config/lxterminal/lxterminal.conf. За прозрачность отвечает параметр
bgtransparent=true
Попробуйте удалить существующий файл конфигурации и настроить параметры снова.