unetbootin пишет на флешку вместе с содержимым образа еще и свои файлы? как тогда можно сравнить мд5?
Для корректной загрузки критичными являются 3 файла, расположенные в каталоге
casper -
filesystem.squashfs (сжатая корневая система),
initrd.gz (образ минимальной корневой системы для загрузки) и
vmlinuz (ядро).
Соответственно, можно посчитать md5 этих файлов на флешке и сравнить с оригинальными, указанными в файле md5sum.txt, расположенном в корне CD/USB.