Темы достаточно скопировать в /usr/share/themes/, так они будут доступны всем пользователям. Владельцем файлов должен быть root ( 0:0 ), права на каталоги и файлы - 755 и 644 соответственно.
Многие "самодельные" темы не придерживаются установленных стандартов FreeDesktop.org, допуская вольности в описании конфигов и установке прав на файлы. Также при упаковке в архив не меняют владельца (оставляют того, под которым редактировали элементы тем). Результат - система не имеет доступа к этим темам оформления.
Для примера сравните имеющиеся в системе темы и те, которые вы загружаете со сторонних ресурсов.