Можете привести полный вывод установки пакета из терминала, без участия графических программ?
Подавляющее число приложений, по крайней мере что устанавливал я именно ч-з ТЕРМИНАЛ, не выкидывают описанную выше ошибку. Но, я нашел её проявление в терминале... например, при установке
yandex-disk-indicator 
Тут надо заметить, что
Яндекс сильно переделал настройку управления диском, а этот GUI-индикатор разработчик не допилил изменения активации яндексом диска. Возможно эти ошибки как-то д.б отразится в терминале, но вместо них лезут предупреждения об отсутствии виртуального каталога. Так, настройка конфига недопилиного
яндекс индикатора диска терминал показывает только ошибки отсутствия каталога

Т.е. этот отсутствующий каталог нужен системе, но она его не находит. Напомню
at-spi2-core установлен.
Если в терминале крайне редко вылазит это предупреждение, то установка пакетов чз Synaptic ВСЕГДА "украшается" ими.

как и при установке пакетов с помощью
Gdebi.