Погуглил я в свое время немало по этому поводу... Попробую покороче и без соплей.
1) Проверить работу микрофона не в wine, а в нативной какой-нибудь звукозаписи. Чуйствительность микрофона можно менять в консольной проге (alsamixer кажется?).
2) Проверить работу микрофона в wine, но без розетты, а в какой-либо программе звукозаписи для винды - их много есть. В моем случае розетта не была виновата ни в чем, другие проги через wine микрофонов также не видели.
3) Судя по всему, у меня вино обновилось до 1.5 именно после обновления убунты до 12.04. Для 32битных вариантов можно попытаться прикрутить ppa с wine-pulse младших версий. Гугл найдет. Для 64бит таких штук нет, без 1.5 ловить нечего.
Вот как-то так. Удачи!