Когда не справляется Boot Repair (а это бывает и не сказать, что редко), я просто на один из разделов устанавливаю Runtu нужной разрядности и уже она все расставляет по своим местам. Почему Runtu? Да потому что легкий, беспроблемный, быстроустанавливающийся дистрибутив со всем необходимым системным софтом на борту, включая и grub-customizer.
И вообще, всегда стараюсь держать "на борту" Runtu, даже если и не пользуюсь ей. Занимает она мизер, на уровне среднего раздела swap. Но не было случая, чтобы Boot Repair не смог ее увидеть. И этого достаточно, чтобы восстановить загрузку остальных установленных систем, с которыми не справился Boot Repair.