А что за программа и как Вы ее в автозагрузку прописали, требует ли она root привелегий? Дело в том, что в Линуксе несколько уровней автозапуска, к примеру, на уровне ядра, на уровне DE, на уровне скрипта...
В общем, прежде чем дать подробный ответ, нужно знать более конкретно о программе.