Решил проблему с alsamixer-ом. Может метод корявый, но работает.
1. Выставляем необходимые настройки в alsamixer (уровень звука и т.д.).
2. Сохраняем настройки в терминале с пом. команды alsactl -f good store (настройки сохран в файле good в катал. home/имя польз.)
3. Заходим в глав. меню - Сеансы и запуск, выбир. вкладку Автозапуск и нажимаем добавить. Имя, описание - пишем, что угодно а в поле команда вводим alsactl -f good restore.
4. Заходим в каталог home/имя польз., включаем отображение скрытых файлов, переходим в каталог config - autostart и находим файл добавленый нами в пункте 3.
5. Правой КМ выбираем свойства - запуск и ставим отметку в поле Выполнить команду в терминале. Все. Перегружаем комп., настройки alsamixer на месте.