Откуда за пределами домашнего каталога будут файлы пользователя? Не вижу смысла искать их, начиная от корня.
Есть такие файлы-папки, например, каталоги примонтированных флэшек и дисков в /media/user/ .
После восстановления владельца
Без изменения прав владения на пользователя со своим uid лишаешься прав на удаление-копирование файлов при работе с такими флэшками-дисками. Тот же ФМ в свойствах объекта сразу показывает uid реального владельца, хотя этим владельцем ты и являешься, но на другом компе с другим uid.
Ну и данные на примонтированных дисках-разделах-флэшках, не входящие в домашнюю папку, у меня несколько таких разделов.
Или, например, файл заданий cron, которые он перестает обрабатывать при несовпадении uid владельцев, несмотря на одинаковые имена - /var/spool/cron/crontabs/user.
А тут владелец пока еще со старым uid
Может еще в системе где-то есть, но я пока не сталкивался.
Проблему с заменой uid решил.
Никакой другой пользователь, включая и root, не в силах сменить uid владельца зашифрованной домашней папки. Необходимо отключать режим шифрования, например, путем удаления его из системы,
apt-get remove ecryptfs-utils libecryptfs0
а значит удаляем и зашифрованную домашнюю папку, предварительно сделав бэкап ее незашифрованного варианта. Затем перегружаемся под другим пользователем (делал под root).
После смены uid под другим пользователем и удаления-восстановления домашней папки, меняем владельца домашней папки, каталогов и файлов в /media/nfn/ и /var/spool/cron/crontabs/user.
Вручную удаляем ~/.Private и ~/.ecryptfs
После чего заходим под пользователем с новым uid, заново инсталлируем ecryptfs-utils и по новой шифруем домашнюю папку.
Наверно можно было бы просто убить процесс ecryptfs, но я не стал экспериментировать и пошел проверенным путем. Уже делал почти то же самое при переносе зашифрованной домашней папки.