Пробовал расширить панель под размер значка (48х48) и даже больше.
Пробовал разместить значок в каталогах /usr/share/pixmaps/ (png и xpm. здесь нет стандартных размеров, у разных приложений разнобой),
в каталог /usr/share/icons/hicolor/48x48/apps/ (с расширением панели под этот размер).
Пробовал прописать в .desktop заведомо рабочий значок другого приложения.
Во всех случаях пустая иконка запущенного приложения.
У меня два таких приложения: вьювер Feh и блокнот Gnote. При этом у Gnote все размеры значков при установке были прописаны в /usr/share/icons/hicolor/