Мое понимание как устроена печать документов:
CUPS - это набор утилит и настроек для печати, в этот набор входит программа lp (linux printing)
Так вот когда мы нажимаем в LibreOffice кнопку печать, то выходит окошко LibreOffice которое формирует команду
lp параметр1 параметр2 ...
Затем lp посылает данные в ghostcript для конвертации в формат принимаемый принтером.
Затем полученный результат отправляется программе кэнона, а она уже отправляет данные в USB порт, к которому подключен принтер.
Так что в этой цепочке виноватым может быть как пользовательская пограмма, неверно задающая параметры печати,
так и ghostcript, который может некорректно конвертировать (но у других же работает, поэтому этот вариант маловероятен)
так и нестыковка настроек в пользовательской программе и в принтере (когда принтер ожидает одно, а ему присылают в другом виде).
По настройкам.
Использую немного другой принтер Canon LBP 2900b, в настройках принтера стоит книжный формат и лист A4.
А альбомную/книжную ориентацию задаю в пользовательской программе, откуда отправляю печать.
У кэнона не реализовано автоматическое разруливание нестыковок настроек, приходится вручную искать решение проблем
PS: если в чем-то ошибся - поправьте меня.