после удаления wine - удалите саму папку .wine.
кстати - прогу(вайн) можно не удалять, просто удалите папку(если не хочется лезть в реестр и чистить папку users) - при следующем запуске настройки wine создастся новая папка с дефолтными настройками, без того, что ставили.