Вопрос об обновлениях, если софт ставить из стороннего репозитория?
Репозиторий - это не просто ресурс с пакетами, а соответствующим образом скомпонованный каталог, имеющий информацию о списке имеющихся пакетов и их версиях (индексные файлы). Если в репозиторий добавляется новый пакет или обновляется версия имеющегося, в индексные файлы вносится соответствующая информация.
При выполнении "apt-get|aptitude update" загружаются эти самые индексные файлы и сравниваются с имеющимися в системе на предмет появления изменений - новых пакетов или обновления версий. Если изменения есть, то система предлагает обновить версию до новой (это указывается в настройках пакетной системы, какая версия является предпочтительной).
Кратко - если ПО устанавливается из
репозитория и в нём появляются обновления, то они установятся при очередном вызове обновления системы.