Понял почему из меню на панели рабочего стола нормально запускается.
С панели запускается сама программа, а в файловом менеджере дополнение для файлового менеджера.
-------------------
Размер окон вроде только в настройках оконного менеджера должен указываться, темы оформления не должны влиять...
Даже не знаю что еще посмотреть.