Здравствуйте, читатели данной темы. У меня также недавно возникла подобная проблема с размещением значков на рабочем столе с XFCE 18.04.
Исправил способом, взятым за основу у everfor, но более простым:
1. Установил разрешение фонового изображения рабочего стола соответствующего максимальном разрешению экрана монитора своего ПК.
2. Расположил иконки каталогов и файлов на рабочем столе в том порядке, какой нужен мне.
3. Открыл каталог ~/.config/xfce4/desktop/ через терминал с помощью диспетчера файлов (любого, у меня - Thunar), введя команду: thunar ~/.config/xfce4/desktop/
В каталоге находилось несколько файлов с различным разрешением.
4. Затем удалил все файлы из каталога ~/.config/xfce4/desktop/ и закрыл каталог.
5. Перезагрузил ПК - все иконки на рабочем столе ПК остались на установленных мною местах; проверил каталог ~/.config/xfce4/desktop/ - там только один файл с действующей расстановкой.
Несколько дней на рабочем столе всё ОК.
Отсюда я сделал вывод (это только моё предположение не-специалиста в данной области знаний) - в каталоге должен быть только один файл, если их больше, то возникает какой-то конфликт между ними, который система разрешает одним способом - расставляет иконки в левой части рабочего стола.