Перезапуска программы у меня требовал лишь почтовик Claws-mail, так как перестраивался на новую тему лишь наполовину. Но он и в других дистрибутивах ведет себя точно также. Остальной основной софт (браузер, Thunar еще по мелочи) не требует перезапуска. Nemo же вообще никак не реагировал без перезагрузки пользователя. Просто перезапуск программы ничего не давал. Но даже и после перезагрузки пользователя его внешний вид часто не соответствовал установленной теме. Скажем, становился черным при установке серой темы.