Утилита для настройки предпочитаемых приложений устанавливается вместе с DE, которое вы видимо поставили дополнительно, поэтому методы настройки окружения Openbox (установленный в LITE) не будут работать.
Нужно смотреть, какая команда в Cairo-Dock запускает файловый менеджер и в зависимости от этого редактировать запуск.