Создать файл /etc/apt/apt.conf.d/proxy и вставить туда строчки :
Acquire::http::Proxy "http://login:pass@ip:port";
Acquire::ftp::Proxy "http://login:pass@ip:port";
Acquire::::Proxy "true";
После этого можно со довольной улыбкой
apt-get update
apt-get install чего_нам-надо:)
Думаю, это универсальный способ по настройке apt на работу через прокси