Ты немного не понял.
Catfish нашел файлы с названием Thunar.desktop, они там есть. Можешь убедиться с помошью текстового редактора, запусти текстовый редактор и через пункт меню открыть перейди в /usr/share/applications/.
В файловом менеджере /usr/share/applications/ является спец папкой, в которой показываются не названия файлов (Thunar.desktop), а их имя прописанное внутри desktop файла в строке Name (например File manager).