sudo apt-get -y upgrade && sudo apt-get -y dist-upgrade
Смысла делать сначала частичное, а потом полное обновление - нет. Достаточно "dist-upgrade".
sudo apt-get -y autoclean && ... && sudo apt-get -y clean
Аналогично - выполнять очистку только устаревших пакетов из кэша, а потом их полное удаление? Достаточно опции "clean".
sudo apt-get -y remove
Здесь удаляется что? Некорректная команда.
sudo deborphan | xargs sudo apt-get -y remove --purge
А эту команду я бы рекомендовал выполнять только в ручном режиме, предварительно проверив зависимости удаляемых пакетов и необходимость их наличия в системе. К тому же,
deborphan не требует прав администратора (утилиту нужно сначала установить).
По итогам - если хотите пользоваться данным набором, то его нужно привести хотя бы к такому виду:
sudo apt-get update; sudo apt-get dist-upgrade; sudo apt-get autoremove --purge; sudo apt-get clean
deborphan