Если Avidemux с чем-то не справляется, или надо перекодировать сериал с одинаковым битрейтом, я использую простейший скрипт:
#!/bin/bash
BITRATE=$1
path='/media/S/Video/0_d'
date
for file in $(ls -1 $path/*.avi); do
avconv -i ${file} -map 0 -threads 2 -aspect 4:3 -c:v libxvid -b:v $1 -c:a libmp3lame -b:a 64k ${file/avi/mp4} && sleep 3; done
На выходе в той же папке образуются файлы mp4, которые надо переместить в другую папку и переименовать в avi
вызов скрипта
./mkv-avi-all.sh 1100k
где 1100k - значение битрейта, единое для всех файлов, вычисляемое калькулятором битрейта в avidemux
Для файлов с разрешением больше 768х576 битрейт надо подбирать экспериментально