Опера 12.16 так "печатает" в формате PS-Adobe-3.0. В файл страница вставляется как изображение. Следовательно текст копировать нельзя и ссылки, соответственно, не работают.
Есть и другой вариант: сохранять страницу как html с изображениями, затем открывать в LibreOffice и экспортировать в PDF. Все ссылки работают, но документ выглядит криво.