Caja несомненно удобен, но заметно тормозит при первом запуске на слабых ПК.
В сборках с LXDE используется PCmanFM, который мало уступает по функционалу другим ФМ (не имеет плагинов), но по скорости на первом месте. При монтировании значки индикации стандартные, Запуск от админа в любом месте.