wmctrl -r Audacious -b add,skip_taskbar,sticky
вот только поможет ненадолго, при вызове плеера из трея, он снова появится в таскбаре.
Можно запускать команду в бесконечном цикле, но это, имхо, слишком "корявое" решение.
UPD: Можно не включать плагин "Иконка статуса", а переключаться на Audacious через индикатор звука (indicator-sound), тогда будет достигнут требуемый результат.