Выяснил, что сохранение страницы в PDF здесь реализовано как печать в файл.
То есть сохраняется версия сайта для печати (где минимум графики и прочего медиа контента), и не сохраняются ссылки.
Проще говоря сохраненный PDF документ отличается от того, что мы видим в браузере при обычном просмотре.
Лучше сохранять страницы в MHT через Firefox.