Tragtor - это оболочка для ffmpeg, что не осилил ffmpeg, не осилит и Tragtor
Пробуйте mencoder
Еще есть Handbrake, но я его сам не пользовал, возможно, это тоже оболочка для чего-то известного
Обычно ffmpeg и avidemux хватает для всего
Также возможно, что ffmpeg поставлен из основного репозитория, а в нем усеченная версия
Попробуйте подключить реп medibuntu, поставить libavcodec-extra53, тогда ffmpeg "достигнет своей полной длины" (как дракон
и, возможно, сможет осилить сие видео