После перезагрузки - вновь 640х480.
PS В записи root загружается нормальное разрешение 1280х1024
Проверьте, нет ли в автозагрузке команды на изменение разрешения через
xrandr или что-то подобное. Удалите галку с "сохранить сеанс", если таковая имеется в меню выхода из сеанса
XFCE. Создайте нового пользователя и проверьте, какое разрешение устанавливается при входе в его учётную запись.
Может прав не хватает пользователю, он в группу video добавлен?
По умолчанию X-сервер запускается от root, поэтому данная группа для пользователя необязательна.