Вариант #1 (Простой):
rm ~/.local/share/recently-used.xbel
mkdir -p ~/.local/share/recently-used.xbel
Вариант #2 (Правильный):
Нужно отредактировать файл ~/.config/gtk-3.0/settings.ini
(если такого файла нет, то создать).
Привести файл к следующему виду:
[Settings]
gtk-recent-files-max-age=0
gtk-recent-files-limit=0
Выполнить команду:
rm ~/.local/share/recently-used.xbel