В сессии LXDE (lxsession) есть демон (setting-daemon), который и применяет настройки "на лету".
Пробовал устанавливать
mate-settings-daemon - не помогло. Такое ощущение, что он не используется.
В Runtu LITE используется сессия openbox, в которой такого демона нет, поэтому настройки применяются после "перелогина".
Пробовал даже перезагружаться после применения настроек в
lxappearance - никакого эффекта.
На сколько я понимаю, каждая программа зачитывает настройки gtk (
~/.gtkrc-2.0) при запуске. То есть не обязательно перелогиниваться, а достаточно перезапустить любую программу, использующую gtk, для проверки сменились ли настройки или нет.
Попробовал так же удалить
Caja и сопутствующие пакеты от
Mate, а вместо него установить
PCManFM. Но и после этого настройки от
lxappearance не применяются.