Если речь о главном меню на панели рабочего стола, то:
~/.local/share/applications
/usr/share/applications
(там лежат текстовые файлы, которые и являются пунктами в меню, их можно убрать от туда, изменить или добавить свои)
Неразобрался :(ю. /usr/share/applications здесь вообще какие то левые вещи почему то -Opera к примеру.
Как вариант - ПКМ на рабочем столе - Настройки - Правка меню. Открылась программа Obmenu но как в там редактировать пока не разобрался. Буду сидеть и копать.
А пока нашёл в интернете:-"Почему графический редактор меню?
Because Openbox menus are written in XML, what gives them a lot of flexibility; but make them harder to edit. Поскольку Openbox меню
написаны на XML, что дает им большую гибкость, но их труднее изменить. It's just too much work to write a big menu from scratch or even adding a single program.
Это слишком много работы, чтобы написать большой меню с нуля или даже добавляя одну программ(Перевод Гуглом).
Пока писал ответ HsH ужу новый ответ дал.
"С первым и вторым способом надеюсь проблем не будет"- мне как раз и нужно только ярлыки удалить.