И Синаптик при полном удалении должен тоже их запускать.
Не должен. Откуда, вообще, такие догадки?
Полное удаление в Synaptic означает, что вместе с пакетом будут удалены его конфигурационные файлы (тоже самое делает
apt-get remove с ключем
--purge).
Для удаления пакетов установленных по зависимостям, в Synaptic-е нужно выбрать раздел "Состояние -> Установленные (Автоудаляемые)", и из этого списка удалять то, что считаете ненужным.
Гораздо проще сделать это одной командой:
sudo apt-get autoremove
Для удаления скачанных пакетов из кэша, используйте команды:
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get clean
Подробности в
man apt-get.
Что касается прав доступа к разделу, попробуйте выполнить команду:
sudo chmod -R 777 /точка/монтирования