Если нажать на рабочем столе значек компьютер, то открывается окно с устройствами, нажимаешь правой кнопкой по флешке и выбираешь пункт форматировать, у меня так.
Еще можно в гконф настроить, чтобы съемные носители при подключении отображались на рабочем столе, тогда так же и с рабочего стола можно форматировать флешки.