Avidemux - капризная программа, с некоторыми операциями и файлами не справляется.
Его лучше устанавливать из репозитория getdeb.
Сначала удалить установленый avidemux.
Затем установить из getdeb:
sudo add-apt-repository "deb http://archive.getdeb.net/ubuntu trusty-getdeb apps"
wget -q -O- http://archive.getdeb.net/getdeb-archive.key | sudo apt-key add -
sudo apt-get update
sudo apt-get install avidemux
Установится Avidemux версии 2.5.6
Еще там же есть avidemux2.6, но это более новая версия, и не знаю как там со стабильностью, надо проверять.
Если для приставки к телевизору подходит формат mp4 (видео кодек: mpeg4, аудио кодек: mp3), то можно изучить Handbrake.
Этот конвертер поддерживает ограниченное количество кодеков. Настройки изображения вызываются кнопкой в виде телевизора. По умолчанию включена автообрезка краев видео, где есть артефакты или черные поля, я ее обычно отключаю (Auto Crop в настройках изображения).
Или есть программа Tragtor, в настройках выбираем разделитель (Separator) двоеточие, и можно приступать к конвертированию.
Он как и WinFF составляет команду для avconv (форк ffmpeg). Потом запускает консольный avconv и скармливает ему команду конвертирования.