Любой .deb дистриб можно использовать в frugal виде на разделе с любой поддерживаемой файловой системой.
Для этого нужно установить casper или live-boot и пересобрать initrd
Wubi - не знаю что такое. Без него точно можно. Загрузчик - любой линуксовый : grub1,2 grub4dos, burg,...
Главное понимать зачем Вам это нужно (и нужно ли вообще) и иметь ввиду, что полностью заточенных под это .deb дистров (уровня того же runtu) нет.