в режиме востановления под суперпользователем всю папку /home скопировать на отдельный виндовый раздел
из-под суперпользователя в режиме востановления всё вернуть на свои места.
Перед копированием необходимо создать архив в формате, поддерживающем разграничение прав (например
*.tar.gz), иначе они изменятся на
700@root:root.
Синаптик предлагает "отметить для удаления" и "отметить для полного удаления". Какая разница?
При обычном удалении остаются конфигурационные файлы пакета (расположенные в системных каталогах), при полном - они удаляются. Файлы конфигурации, расположенные в домашнем каталоге, остаются в любом случае.
Рекомендую ознакомиться с базовой документацией по работе с системой -
http://help.ubuntu.ru/manual