Сейчас использую для заметок Geany , древовидные редакторы не приживаются у меня.
Убрал
CherryTree - много функций, заметки хранятся в файле ctd (xml)
Она все хранит в одном файле, и ресурсов так расходуется больше, и не безопасно (если файл повредится, например при внезапном отключении электричества, то восстановливать заметки полностью не получится).
Убрал
TuxCards - записная книжка с настройкой срока хранения страниц, с возможностью шифрования, страницы хранятся в общем файле xml, может выгружать страницы в html
Всё хранится в одном xml файле - не надежно.
Notecase - платная, в ознакомительной бесплатной версии сильно урезанный функционал.
Она походит на Cherrytree (заметки в одном xml файле).