Tracker - шустро все индексирует, хоть и грузит систему, но если вдруг на чем-то споткнется, то продолжать уже не станет, но грузить дисковую подсистему продолжит. При этом может игнорировать некоторые пути индексации по совершенно непонятным причинам. При попытках поиска часто подвисает, а некоторые результаты не попадают в выхлоп - в итоге найти что-то часто невозможно.
Beagle - написан на mono, из чего вытекает, что тупит сильнее чем Tracker, результат поиска все так же ненадежен - часто результаты выподают из поиска и найти что-то очень тяжело.
Recoll - не имеет демона индексации и поэтому индексировать диск надо вручную или по крону, что может и лучше - можно настроить время. При этом использует для индексации и поиска наиболее адекватный из существующих движков - xapian. Как результат это единственный полезный на практике индексирующий поисковик.
Catfish - единственный минус - не умеет работать с xapian/recoll, но для поиска с помощью find и locate вполне подойдёт.
Есть еще не упомянутый тут отдельно strigi - это часть nepomuk и потому самый прогрессивный и функциональный индексатор. Жаль только, что единственное что он умеет делать сегодня - это превращать ваш компьютер в обогреватель. При этом это не многозадачное приложение, и пока машина греет воздух всеми своими компонентами под чутким управлением strigi использовать её для чего-то ещё просто невозможно.