Synaptic иногда подглючивает (изменят какую-нибудь часть программы, потом несколько лет баги после этого фиксят, например последняя версия кажет предупреждения, сообщения от пакетов покажет если только сам откроешь их просмотр), в терминале надежнее.
Поэтому для установки программ использую Synaptic или Gdebi (если заглючат, можно перезапустить, или погуглить), а для обновления системы dist-upgrade в терминале.
Aptitude не использую, так как apt хватает для всего.