Как правило, скорость работы программы зависит от набора правил компиляции, с которыми она была собрана. В конфиге сборки могут быть указаны модули, которых нет в пакете или наоборот, различная степень gcc-оптимизации (если код написан на C и C++) и многие другие параметры.
Поскольку Debian/Ubuntu/Runtu являются пакетными системами, для них существует определённая инфраструктура со всем необходимым для установки/удаления ПО в формате уже скомилированных программ. Пакетный менеджер решает самостоятельно все проблемы зависимостей и конфликтов пакетов.
В случае с тарболом программа должна быть либо статически скопмилирована, либо для неё должно быть подготовлено соответствующее окружение.
Устанавливать программы из тарбола имеет смысл, если она отсутствует в штатном репозитории или дополнительных репозиториях (PPA, ресурсы разработчиков и т.п.). И даже в этом случае желательно оформлять их в виде deb-пакета, чтобы можно было управлять установкой штатными средствами пакетного менеджера.