Скорее всего дело в том, что при размере разделов до 2 Гб по умолчанию считается предпочтительной ФС Fat16, а при размере более 2 Гб уже предполагается использование ФС Fat32 и зависит это от размеров кластеров и т.д. и т.п. со времен еще DOS-а и Win95. Так что не мучайся с Gparted, а если надо изменить размер и оставить ФС Fat32, то делай это из-под винды, проги советовать не буду их очень много (ИМХО)