Дополню:
scantailor - Интерактивный инструмент постобработки для отсканированных страниц (нужная вещь при подготовке к распознаванию)
YAGF кроме cuneiform поддерживает еще и tesseract, который у меня делал дело лучше, чем cuneiform, хотя многие и хвалят его.
Кроме всего прочего, веду борьбу с тяжеловесностью, поэтому ставлю не YAGF, а
ocrfeeder - постоянно пользуюсь им,
или
GimageReader, попроще, но мне нравится.
Есть онлайн-сервисы, один из них
http://www.free-ocr.com/ЗЫ: FineReader-cli - бесплатная для дома и офиса?