а я вам сразу тогда сказал, что важно совпадение ID у старого и вновь создаваемого пользователя, иначе лишитесь доступа к файлам. Система работает не с именем пользователя, а с его ID, поэтому и лишила вас доступа к старым файлам, несмотря на совпадение ника и пароля.
И вообще, из зашифрованного домашнего каталога необходимо выносить все объемные каталоги - создавать симлинки на каталоги видео-аудио, загрузка, какие-то свои коллекции фото-музыки-фильмов и т.д. Вряд ли они нуждаются в защите шифрованием, а в процессе шифрования тормозят машину серьезно.
Тогда проще и быстрее было бы менять не доступ к гигабайтам файлов, а возвращение старого ID юзера. Для зашифрованной папки это посложнее, но все равно намного быстрее проделанной вами работы.