за показ сообщений на экране отвечает "notification-daemon", у каждой оболочки(окружения рабочего стола) - свой. проверьте наличие у себя этих служб(если в синаптике установлен apt-xapian-index(быстрый поиск) - наберите в его окне "notification", выбрав слева "состояние"--"установленные").
и еще - вы с системой какие-нибудь манипуляции производили? с лайв-рунту то же самое?(это, скорее, первый вопрос должен быть)
