скажу проще. alsa это набор драйверов для железа. И настройки в alsa - для рунту наиболее удобно пользоваться xfce4-mixer (заодно и апплет можно добавить по любому устройству) - настройки в алса действуют конкретно на устройства аудиокарты, переключают режимы, бустеры, всякие частотные коррекции, реализуемые
на уровне железа. А pulseaudio уже управляет этими готовыми потоками, и естественно, не может управлять тонко чисто аппаратными какими то настройками и особенностями - его цель - развести входы и выходы звука между источниками и приемниками сигналов и правильно это дело микшировать на
программном уровне. Ну заодно и аппаратные настройки некоторые поддерживаются, например, регуляторы уровня. но не более. И отключенный микрофон именно в самом усилителе аудиокарты если эта настройка недоступна для пульса - никакой пульсаудио не включит - для него просто НЕТ источника. Часто бывает именно так, что на уровне аудиокарты переключен вход с микрофона на линейный, это можно настроить в алсамиксере, а для пульса - это один и тот же источник.. поскольку у него тот же самый выход. Ему неважно, как конкретно настроен входной микрофонный усилитель внутри самой аудиокарты - он видит что есть вход, он с ним и работает. Регулировать может только усиление, а специфические опции пульсу недоступны.
Поэтому, при отсутствии пульса, включаешь внешний микрофон - и надо в алсамикшере уменьшать или отключать внутренний, и включать и регулировать внешний. А пульс, увидев что включили микрофон, сам АВТОМАТИЧЕСКИ подключится к нему и отключится от внутреннего.. и если приложение не умеет работать с пульсом, то может быть, оно останется без микрофона или без выхода
но это пару лет назад как отладили и сейчас проблем быть не должно с пульсом.
