Он сохранится только, если после назначения этого раздела в точку монтирования /home снять галку ФОРМАТИРОВАТЬ. При этом система, установленная ранее и устанавливаемая вновь основаны на одной и той же пакетной базе. Если в новой системе используются отличные от предыдущей пакеты, то для них настройки будут созданы вновь и сохранять /home для установки на новую нет смысла.
Если нужно сохранить настройки браузера или какого-либо компонента, общего для обеих систем, то можно предварительно скопировать их, а затем подставить в домашнюю папку. При этом нет гарантии, что в новой версии программ настройки останутся теми же.