Обновил систему в VirtualBox,
пакет caja не встал в очередь на удаление как у Prof1983, только обновился,
дополнительно установились пакеты mate-desktop, mate-desktop-common и mate-desktop-gnome.
mate-desktop, содержит в себе программу mate-about, выводящую на экран диалог "О среде MATE", которая даже в меню не отображается (OnlyShowIn=MATE). Зачем этот пакет указан в зависимостях caja непонятно.
mate-desktop-common содержит соответствие ключей gconf (mateconf) и dconf, а также схемы для ключей dconf.
mate-desktop-gnome содержит файлы с лицензиями (gpl, lgpl, etc) на разных языках.
В сумме эти 3 пакета занимают не более 4 МБ в распакованном виде, не содержат дополнительных служб, расходующих ресурсы ПК,
т.е. никакого "вреда" не несут.
-----
После обновления, в контекстном меню caja перестал работать пункт "Открыть в терминале",
лечится так:
gsettings set org.mate.applications-terminal exec x-terminal-emulator