Могу посоветовать FreeFileSync. Очень нравится. Можно поставить через Ubuntu Tweak.
Долго им пользовался, со времен окошек. Для линукса этот софт оказался недоделанным. Уже тут посоветовали попробовать rsync (гуй Grsync, если лень в терминале набивать). Алгоритм работы просто супер - самый экономный по объему передачи данных из известных мне программ синхронизации, заменяет лишь часть измененного файла, а не весь целиком. И это очень заметно при синхронизации особенно в сравнении с FreeFileSync. Возможностей по выбору опций для синхронизации выше крыши. Ничего подобного раньше не встречал.
