F3 находится в верхнем ряду клавиатуры слева четвёртая по счёту. В наутилусе её надо нажать для появления второй панели. В одной из панелей открыть необходимую папку для копирования, на другой панели - место, куда копировать. Можно с правой клавиши мыши выбрать КОПИРОВАТЬ В ДРУГУЮ ПАНЕЛЬ или просто перетащить из одной панели в другую.
P.s.: если это касается системных файлов, то процедура выполняется с правами рута.
sudo nautilus