Объясняю еще раз.
У меня установлена система Runtu Gnome 12.04
Установил в ней файловый менеджер caja, по твоей интрукции.
Запустил его командой caja --no-desktop
Затем стал проверять работоспособность его функций.
Перетащил mp3 файл в окно плеера Qmmp, файл добавился в плейлист нормально.
Решил проверить по другому, запустил наутилус скопировал из него файл, попытался вставить в caja, но в caja пункт контекстного меню "Вставить" был затемненным, и при нажатии на него ничего не вставилось.
Других багов в нем не выявил. Не считаю эту недоработку критичной, так как если установлен caja, то наутилус уже не потребуется.